另一边艾伦通过更多地与希斯特莉亚接触，唤醒了父亲传递的更多的记忆片段。从记忆片段中艾伦发现训练兵团教官，也是原调查兵团团长的基斯·夏迪斯和过去的格里沙熟识，可能知道部分格里沙的秘密，便和众人拜访了基斯。然而基斯对格里沙的来历所知也极其有限。但艾伦从基斯口中知道了母亲卡尔拉对他的期望：纵使平凡，只要能降生在这个世界上，便已经十分伟大了。令艾伦对自己 “不特别”的执念得到了释怀。
其后，玛利亚夺还作战实施。艾伦随兵团星夜赶到希甘希纳区，开场便成功按计划利用巨人化和硬质化能力封住了希甘希纳外侧的破洞。但始终按兵不动，不知藏身何处的莱纳和贝尔托特令众人感到十分不安。阿尔敏察觉到了敌人藏在墙体内部的可能，成功逼出了莱纳。
城墙另一边，从莱纳等人的“故乡”前来的战士长也变身成兽之巨人，和受其操控的大量无垢巨人一同封住了调查军团的退路。艾伦和莱纳，埃尔文，利维和战士长分别在玛利亚之墙的内外展开博弈。希甘希纳区内，艾伦施展出来长期训练的局部硬质化——将硬质化集中在拳头上以大大提升硬度，轻易地击溃了莱纳覆盖全身的铠甲。配合调查军团持有的新式兵器——雷枪，很快将莱纳逼入绝境。
此时贝尔托特现身并变身超大型巨人，在其无可匹敌的破坏力面前局势瞬间逆转。阿尔敏舍命发动佯攻吸引贝尔托特的注意力，艾伦则留下硬质化巨人之躯，本体脱离后直取超大型巨人后颈出的贝尔托特本体并成功将其生擒。
然而阿尔敏在佯攻过程中承受了大量高热蒸汽烧灼，全身高度烧伤而生命垂危；另一边的埃尔文团长亲率兵团做诱饵亦被野兽巨人打成重伤濒死。而利维士兵长身上的最后一管巨人化针剂则是决定谁可以活命的关键。失去理智艾伦拼尽全力请求利维救阿尔敏。利维经过一番内心挣扎后决定让埃尔文从这个世界解脱，给阿尔敏注射了针剂。
巨人化的阿尔敏吞食了贝尔托特变回人类并取得了超大型巨人之力。另一边被利维打败的野兽巨人的本体，吉克和莱纳一同被友方的巨人救走，临走前吉克特地与艾伦见面并告诉艾伦“我们都被你爸爸洗脑了”。虽然成功夺回了玛利亚之墙，但经此一役，调查兵团仅九人生还。
艾伦和兵团终于得以进入格里沙留下的地下室，得知了记载在里面的格里沙的过去和世界的真相。回归的艾伦，三笠和阿尔敏因违反军纪而被关了禁闭。禁闭期间艾伦唤醒了更多父亲的记忆，得知了诸多更加残酷的过去。并在授勋仪式上和希斯特利亚的接触时看到了未来的部分记忆，知晓了自己在未来开启了“天与地之战”发动地鸣屠杀了世上八成的生命，最终会被同伴们所阻止。
又一年后，墙内墙外的巨人终于被消灭殆尽。艾伦等人得以来到梦寐以求的海边，然而他们已经得知，战斗远未结束，海的对面尽是敌人，艾伦疑惑如果将敌人全部杀光是否就能得到自由。
在艾伦等人抵达海边后不久，马莱向帕拉迪岛派出了第一支调查舰队，被艾伦，阿尔敏两体巨人轻易击败。马莱海军中的以一名女军人叶莲娜为首的部分战士突然叛变，事实上他们听命于吉克·耶格尔，是吉克为执行他的解放艾尔迪亚人的计划而派来岛上的联络人。
叶莲娜等人向岛内领导层提出吉克的合作意向时，艾伦确认，并向领导坦白了过去隐瞒的部分讯息：没有王族血统的他若能与王族血统的持有者变成的巨人发生接触，就能运用体内始祖巨人的力量，唤醒三道城墙墙体内部沉眠的大量超大型巨人作为武力，是为“地鸣”，有足以踏平世界的威力。这是科技落后世界数十至上百年的帕拉迪岛面对世界敌意的王牌。
然而，艾伦先前因不希望希斯特莉亚被迫成为巨人而隐瞒了这一消息。叶莲娜及其率领的“义勇军”为帕拉迪岛带来了外界先进技术，还协助帕拉迪岛建立起了火车，港口等与外界交流所需的现代化设施。港口建成后接待的第一位外宾则是来自过去与艾尔迪亚帝国世代交好的，东洋日出国的东人清美（又音译奇优宓·亚兹玛比特）女士。清美提出可以帮助帕拉迪岛面对外部世界，而所求的也是帕拉迪岛上的冰爆石资源的开发资格，同时也在寻找着过去日出国将军血脉在岛上的传承者——三笠。
再三年之后，艾伦同调查兵团众人一道，在叶莲娜等人掩护和清美的资助下得以隐瞒身份渡海造访了马莱大陆。艾伦遇到了在即将被他救过一次但也会被他发动的地鸣所杀死的男孩拉姆吉，想要反抗未来记忆不去救他，但依然不由自主的救了他，从而明白自己看到的未来注定无法改变，半生追逐自由的艾伦陡然发现一切从最初就已经注定，自己生来就是自己一直最讨厌的不自由的家畜而崩溃痛哭。
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