与秦良玉会晤之后，一切又归于常态，各部都在井然有序的运作之中。朱由检也开始着手处理厂卫和阉党相关事宜。
崇祯二年三月中旬，朝臣再次集体上书，言厂卫之祸，并要求追讨，定阉党逆案。一时间，攻讦阉党之声四起。
由于魏忠贤销声匿迹，阉党一派群龙无首，人心惶惶，很多在朝官员纷纷选择脱离阉党，转而投靠东林党，剩余的阉党则纷纷聚集在黄立极的羽翼之下，妄图寻求庇护。
在这样的情况下，三月末朝会开始了。朝会一开始，群臣便没有给朱由检插科打诨的机会，直接当庭向阉党和厂卫开炮。
庞大的东林文官集团，从中央到地方，陆续上书朱由检，罗列与阉党相关联者，自内阁首辅黄立极以下，包括客氏，以及肃宁伯魏良卿在内，共计二百余人。
倪元璐率先上书道：
“启奏陛下，臣请求焚毁《三朝要典》！其害有三。
一是《三朝要典》涉及皇家内部权力斗争，不宜公之于众。
二是，此书是魏党利用三大案打击报复我东林正直之士编撰而成，妄图让我东林一脉永世不得翻身。
三是，此书的目的乃是魏逆为了给宦官集团洗白而成，居心叵测。而参与编撰的黄立极等人，亦是党附魏逆，罪大恶极之辈。
因此，焚毁《三朝要典》势在必行！请陛下圣裁！”
御史杨所修紧接着出列补充道：
“臣弹劾内阁首辅黄立极，交结近侍，欲行不轨，请陛下严惩！”
兵部给事中刘懋出言道：
“臣弹劾大学士施鳯来，张瑞图，二人党附魏逆，身居揆席，漫无主持。甚至顾命之重臣，毙于诏狱；五等之爵，尚公之尊，加于阉寺；而生祠碑颂，靡所不至。律以逢奸之罪，夫复何辞？请陛下严惩！”
……
一时间，众臣弹劾之声四起，目标大部分都指向首辅黄立极。朱由检立于大殿之上，默不作声，表情无喜无悲。待众人说完，朱由检向着黄立极问道：
“元辅，您于朕有拥立之功，于国则是任劳任怨，乃是朝中砥柱，朕想听听，你有何话要说？”
黄立极闻言，心中也是有些不淡定了，群臣攻讦于他，理由九真一假，他自己是百口莫辩，这里面很多事他确实是做过的，眼看着朝议汹汹，大势已去，只能硬着头皮说道：
“启奏陛下，老臣知罪。老臣请求陛下，看在老臣这些年尽心国事的份上，准允老臣致仕还乡，静思己过。”
说完，自己摘下官帽，对着朱由检行叩拜大礼。朱由检没想到黄立极连反抗都不反抗一下，就直接认怂了，心中也是无奈。只能叹了一口气说道：
“唉…元辅糊涂啊。罢了，朕念在你这些年尽心国事，劳苦功高的份上，虽有错，但罪不至死。如今元辅年事已高，朕不忍苛罚，就准你所请，致仕还乡，颐养天年去吧。”
黄立极见朱由检棒子高高举起，轻轻放下，再听这口气，心中不禁有些后悔，这小子压根就没想着往死里整阉党啊，那我要是在坚持一下…完了，草率了。不过事已至此，黄立极只能叩拜谢恩：
“老臣谢陛下恩典，吾皇万岁万岁万万岁。”
处理完黄立极，朱由检接着看向内阁几人，施鳯来几人纷纷效仿黄立极，请求致仕。
朱由检摇头不准，并且早已经为他们找好了理由，直接拒绝道：
“不可！诸位阁臣，国事多艰，尔等岂能肆意妄为？如今元辅已然致仕，你等若是再齐齐致仕，内阁停摆，国事当如何？今元辅已辞，也算是给了天下人一个交代，子曰：知错能改善莫大焉。为大明计，为国朝计，朕不能同意。
国不可一日无君，内阁亦不可一日无主，这次朕法外开恩，准予诸位阁臣暂留其位，戴罪立功，以观后效。诏次辅施鳯来暂代内阁首辅一职，择日会推阁臣。”
施鳯来，李国普几人闻言大喜，立马就坡下驴道：
“臣等遵旨！”
黄立极：…搞半天，就我一人失业了？
东林众人自然不肯，但是皇帝的话滴水不漏，且金口玉言，事情已成定局，大家也不再纠结。内阁扳倒了黄立极也算是完成了一个小目标，于是开始调转枪口，对朝中其他阉党下手。
鉴于此，朱由检大手一挥，说道：
“朕自即位以来，对于党争深恶痛绝。诸位臣工今后勿要以党争相互攻讦，否则朕严惩不贷！此次诸位朝臣弹劾官员达到二百余人，从朝廷到地方，牵扯甚广。朕再重申一次，关于魏忠贤逆案，如今魏忠贤已被朕禁足宫中，元辅黄立极也已致仕归乡，阉党一案到此为止！至于诸位弹劾的官员，悉数交由三法司审理。该定罪定罪，该流放流放，无罪便是无罪，勿要以党争牵连！”
众臣见朱由检定下了处理阉党的基调，而且明言不以党争定罪，这下子把众人的话头全部堵死了。与此同时，阉党一派也算是松了一口气，这是不准备打击扩大化了。
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